投资者买卖港股通股票除需支付佣金外，还需向联交所（或由联交所代收）及香港结算公司支付印花税、交易征费、交易费、交易系统使用费、股份交收费及证券组合费等各项费用。

具体包括：

证券组合费是指香港结算根据中国结算名义持有账户每自然日日终港股持有市值，按逐级递减的费率标准，所计收的存管和公司行为服务费用（详见下表）。中国结算依据相同标准，对每个持有港股的A故证券账户进行收取。

因港股通交易存在汇率波动风险且需要收取证券组合费，为预防账户出现小额透支情况，投资者在证券公司开通港股通交易权限将会冻结普通账户资金100元人民币。​​